Procenjeno je da je NATO na Kosovu 1999. godine bacio oko deset tona osiromašenog uranoiijuma.Posledice toga su povećanje broja obolelih od raka,abortusi,leukemija,deformacije novorođenih beba.U Srbiji se do 1999. registrovalo između 15.000 i 20.000 novih slučajeva raka, da bi taj broj već 2004. dostigao cifru od 30.000 novih bolesnika. 2015. godine objavljeno je da je Srbija prva zemlja u Evropi po smrtnosti od malignih tumora.
Lokacije na Kosovu i jugu Centralne Srbije na kojima je NATO avijacija koristila zabranjenu municiju sa osiromašenim uranijumom tokom bombardovanja 1999. godine..
Broj civilnih žrtava u NATO bombardovanju još nije precizno utvrđen.Prema srpskim izvorima od posledica NATO bombardovanja poginulo je između 1200 i 4000 civila.Takože se zvanično navodi da je napadima NATO-a ubijeno oko 1.000 osoba u Vojsci Jugoslavije i policiji.Prištinski korpus imao je najviše poginulih vojnika,oko 500 osoba.Najviše poginulih civila bilo je u napadima na kolone albanskih izbeglica kod Đakovice 14. aprila (75) i u Koriši kod Prizrena 14. maja (87)
Po proceni Jugoslovenske vlade,materijalna šteta tokom NATO bombardovanja iznosi oko 100 milijardi dolara,dok je Grupa-17,dala procenu od oko 30 milijardi dolara.U bombardovanju je uništeno i oštećeno 25.000 stambenih objekata, onesposobljeno 470 kilometara puteva i 595 kilometara pruga. Oštećeno je 14 aerodroma, 19 bolnica, 20 domova zdravlja, 18 dečjih vrtića, 69 škola, 176 spomenika kulture i 44 mosta, dok je 38 razoreno.
Nakon potpisivanja Kumanovskog sporazuma i dolaska KFOR-a, Kosovo i Metohiju je zajedno sa vojskom napustilo više od 200.000 Srba i drugih nealbanaca.Preostali Srbi su ostali da žive na severu Kosova i u izolovanim enklavama.Kao pripadnici nacionalnih manjina bili su lilišavani slobode i izloženi nasilju.U većini slučajeva to je imalo političku pozadinu,kao i želja da se ukloni nealbansko stanovništvo sa teritorije Kosova.Takodje se navodi da su jedinice OVK bile odgovorne za nasilje nad civilima tokom i posle 1999 godine.